Ο θρύλος που το συνοδεύει, αναφέρει, πως ο θυμωμένος Ποσειδώνας αντικρίζοντας το καράβι που χάρισαν οι Φαίακες στον Οδυσσέα για να γυρίσει στην Ιθάκη, το ακούμπησε με την τρίαινα του και με τις θεϊκές δυνάμεις του το μετέτρεψε σε βράχο.
Η αλήθεια για το όνομα του μικρού νησιού, χάνεται στα βάθη των αιώνων, με κάποιους νησιώτες να υποστηρίζουν πως μπορεί να «βαφτίστηκε» έτσι και από τους ελάχιστους καλογέρους, από τον Πόντο, που ζούσαν κάποτε εκεί.
Όπως και να έχει το Ποντικονήσι θεωρείται το σήμα κατατεθέν της Κέρκυρας. Βρίσκεται στην είσοδο του αρχαίου Υλλαϊκού λιμανιού, στη σημερινή λιμνοθάλασσα Χαλικιοπούλου και απέχει από την ξηρά, της Κέρκυρας, λιγότερο από μισό μίλι.
Μοναδικός μόνιμος κάτοικος στο Ποντικονήσι, ο «Κάιζερ», ένα πανέμορφο παγόνι που μπορεί και απολαμβάνει την απαράμιλλη ομορφιά του, όλο το χρόνο.
Τον Κάιζερ, τον έφερε στο νησί, το 2008, ο Γιώργος Βουζανίδης, ένας από τους βαρκάρηδες που μεταφέρουν καθημερινά τους τουρίστες. «Το Ποντικονήσι, ήταν το αγαπημένο νησί της θλιμμένης πριγκηπέσας Σίσυ που ερχόταν εδώ κάθε Κυριακή για να προσευχηθεί. Τα σκαλοπάτια μάλιστα για να φτάσει στο παρεκκλήσι, που είναι χτισμένο σε βράχο, τα κάνανε οι δικοί της εργάτες» αναφέρει στο Αθηναϊκό - Μακεδονικό Πρακτορείο ο κ. Μποζανίδης, που ξεδιπλώνει σιγά - σιγά τη σύγχρονη ιστορία του νησιού.
«Με τη σημερινή του μορφή το Ποντικονήσι είναι από το 1960, καθώς κάποτε περιμετρικά υπήρχαν πολύ μικρά σπιτάκια, κονάκια, των μοναχών που ζούσαν εκεί μέχρι το 1915-16 και όταν τα εγκατέλειψαν, γκρεμίστηκαν. Παλιές φωτογραφίες του νησιού το επιβεβαιώνουν» όπως λέει ο κ. Μποζανίδης στο ΑΠΕ-ΜΠΕ.
Το νησί είναι κατάφυτο από ψηλά κυπαρίσσια. Το βυζαντινό παρεκκλήσι του Παντοκράτωρα, που είναι αφιερωμένο στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος, κτίστηκε το 1535. Ακόμη και σήμερα στο παρεκκλήσι φυλάσσονται αναμνηστικές πλάκες, από τις συχνές επισκέψεις της αυτοκράτειρας Ελισάβετ της Αυστρίας και του αρχιδούκα Ροδόλφου. Το νησί έχει δεχθεί όμως, χιλιάδες διάσημους και μη, επισκέπτες. Κανείς δε θυμάται από τους βαρκάρηδες πότε ξεκίνησε ακριβώς ο τουρισμός προς το Ποντικονήσι. Αυτό που επιβεβαιώνουν είναι, ότι κάποτε η μεταφορά των επισκεπτών του νησιού γινόταν με τις βαρκούλες με πανιά ή ακόμη και με κουπιά. Το επάγγελμα του βαρκάρη που θα πάρει το καΐκι του για να περάσει τους τουρίστες απέναντι, με μόλις δυόμιση ευρώ πάνε - έλα, φέρεται να κρατά από γενιά σε γενιά και να κληρονομείται από πατέρα σε γιο.
Σήμερα η πρόσβαση στο λιλιπούτειο νησί είναι πολύ πιο εύκολη και πιο προσιτή, καθώς τα μικρά καΐκια πηγαινοέρχονται συνέχεια από το πρωί μέχρι τη δύση του ηλίου, από την πεζογέφυρα της Βλαχέρνας. Τους θερινούς μήνες περισσότεροι από 100-150 τουρίστες το επισκέπτονται καθημερινά. Οι περισσότεροι από αυτούς είναι Έλληνες τουρίστες.
Το Ποντικονήσι, στάθηκε εκατοντάδες φορές αφορμή για να εμπνεύσει μεγάλους ζωγράφους, ενώ έχει χιλιοτραγουδιστεί από Έλληνες και ξένους καλλιτέχνες. Παρόλα αυτά όμως, φέρεται να κρατά πολλά κρυμμένα μυστικά, προσευχές και υποσχέσεις αγάπης που δόθηκαν στο μικρό ξύλινο καφέ, που αγναντεύει το απέραντο γαλάζιο του Ιονίου και όρκους πίστης που δίνονται μπροστά στο βυζαντινό παρεκκλήσι, όπου σχεδόν κάθε Σαββατοκύριακο νέα ζευγάρια ενώνονται με τα δεσμά του γάμου.
Παράπονο των βαρκάρηδων είναι ότι οι τουριστικοί πράκτορες της Κέρκυρας δεν το συμπεριλαμβάνουν στις προτάσεις τους, γεγονός που επισημαίνει μιλώντας στο ΑΠΕ-ΜΠΕ και ο πρόεδρος των Τουριστικών Πρακτόρων Κέρκυρας Βασίλης Καλούδης, αναφερόμενος στις μεγάλες προσπάθειες που γίνονται από την πλευρά του ώστε αυτή η κατάσταση να αλλάξει.
Όπως και να έχει το Ποντικονήσι, είτε το επισκεφθεί κάποιος, είτε όχι, μπορεί να το απολαύσει από την παραλιακή της Μέσης Κέρκυρας, είτε από το Κανόνι, αλλά και από τα παράθυρα των αεροσκαφών που προσεγγίζουν την Κέρκυρα, παίρνοντας έτσι την πρώτη γεύση του πανέμορφου νησιού των Φαιάκων.